分类目录归档:软件与应用

3DSlicer畸变图像校准之医三维方案

罗俊杰 十堰市人民医院神经外科

校正3Dslicer畸变图像的直观方法

3DSlicer社区微信公众号中有文章介绍过应用3DSlicer对畸变图像进行校准的方法。我个人常用另一种更直观的方法进行校准,应用到国产软件医三维和国外的一个影像处理软件Mango 校正3Dslicer畸变图像的直观方法

CT扫描时为了获得标准的OM基线时,技师会通过调整扫描机架与扫描床的角度来完成。 

校正3Dslicer畸变图像的直观方法

相关倾斜角度信息可以在CT胶片中进行查看,如下图CT图像所示倾斜度为-12.0。

校正3Dslicer畸变图像的直观方法

将这样的数据直接导入3D Slicer软件中,会产生图像畸变。

校正3Dslicer畸变图像的直观方法

1、启动医三维软件:选中相应数据文件夹并导入影像数据,在软件界面下栏中鼠标右键点击图标,选择MPR重建并在新标签中打开。 

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2、标准OM基线调整:通过调节弧形箭头简单几步即可完成。

校正3Dslicer畸变图像的直观方法

3、切片重组:如下图选中右上角绿色图标,在弹出对话框中对序列描述进行重命名,方便记忆但不能为中文。步长(mm)为层距,Slicer count为Slicer数量,为系统自动生成,不需更改。

校正3Dslicer畸变图像的直观方法

4、数据储存:转换后的数据文件储存的默认目录在C盘用户文件夹里,可以在软件设置中对工作空间路径进行更改。校正3Dslicer畸变图像的直观方法

5、数据导入:将数据导入到3D Slicer中,发现畸变并没有得到校准。

校正3Dslicer畸变图像的直观方法

6、数据转换:应用国外的影像处理软件Mango对数据进行转换后才能用于3D Slicer,将文件导入到Mango中,另存为nii.gz(压缩格式)或者nii格式。

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7、数据导入到3DSlicer:将Mango转换后的nii格式文件导入到3D Slicer中,发现畸变已经得到校准。

校正3Dslicer畸变图像的直观方法

应用医三维和Mango这两个小软件可以方便直观的调整OM线和校准畸变。软件小巧、占用系统资源少、运行流畅,医三维软件还有体重建、数据测量、一键去除背板、一键去除颅骨等功能,值得一试。

校正3Dslicer畸变图像的直观方法

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Image J在脑出血穿刺定位中的应用

作者:孙宗汉 湖北省十堰市国药东风总医院神经外科

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脑出血系列专题(07)

目前患者Dicom格式影像数据的获得主要依靠医院数字影像系统和光盘刻录,因各种原因无法获取DICOM格式文件时,一定程度上限制了医生对脑内血肿的准确定位,影响穿刺引流的效果。通过Office Lens手机APP软件采集CT胶片影像,应用Image J软件对CT图片进行各种数据测算,辅助血肿定位以提高穿刺的准确性。

01. mage J软件:网站提供Windows、Linux、Mac OS X等版本下载,32位和64位操作系统均支持。下载地址

https://imagej.nih.gov/ij/download.html。

Image J在脑出血穿刺定位中的应用

02. Image J简介:是一个用JAVA语言写成的图像处理软件,可以显示、编辑、分析、处理TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式图像。为免费绿色软件,大小为74MB(Windows 64位版本),解压缩即可应用,打开界面如下。

Image J在脑出血穿刺定位中的应用

03. 图像获取:获取CT胶片图像,推荐微软免费软件Office Lens获取,可以减少影像畸变。具体应用方法参见以往文章,文末有文章链接。

Image J在脑出血穿刺定位中的应用

04. 载入图像:用Image J打开脑出血胶片图片。

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05. 选取血肿最大层面:采用放大镜工具放大血肿最大层面(鼠标左键放大,右键缩小),采用手形工具移动图片。

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06. 画标尺:用直线工具画出CT胶片上的标尺全长(如下图),实际操作时在标尺上画即可。

Image J在脑出血穿刺定位中的应用

07. 标尺校正:打开Image J的Analyze菜单,再选择Set Scale子菜单,在距离填入标尺长度10,长度单位选择cm。

Image J在脑出血穿刺定位中的应用

08. 尺寸标记:为了便于说明,选取血肿最大层面,先后画出正中线及经过血肿中心垂直于正中线的直线,重新载入软件中。选中软件中的直线工具进行画线。

Image J在脑出血穿刺定位中的应用

09. 图像标记:为了便于说明在图片编辑软件中对血肿最大层面进行如下标记:A:额正中点;P:枕正中点;M:通过血肿中心点且垂直于正中线并与之相交直线的交叉点;B:血肿中心点;T:血肿中心点在颞部的体表投影。依次画出PTPMMBAM线段。

Image J在脑出血穿刺定位中的应用

10. 数据测量:选中Analyze菜单下的Measure工具,测量直线距离(弦长),或直接应用快捷键Ctrl+M即可,每画出一个线段就需进行一次测量,之后再画下一个线段。

Image J在脑出血穿刺定位中的应用

11. 测量结果:数据测量结果存盘如下。

Image J在脑出血穿刺定位中的应用

12. 基线校准:本CT片非标准OM线扫描,层距5mm,外耳道位于5号片,晶状体位于12号片,血肿最大层面14号片,顶部扫描为26号片。

Image J在脑出血穿刺定位中的应用

13. 头皮画线:在头皮上画出血肿最大层面和正中矢状线,标记A、P两点,根据PT1数值(弦距),在头皮上标记出T1点,T1点即为血肿中心点在颞部的体表投影点。在头皮上标出M点在顶部头皮的投影点M2(M2T1垂直于AP),M2中线左侧旁开0.504cm(软件已测量)距离即是B2点。

Image J在脑出血穿刺定位中的应用

14. 穿刺方向:画出经额头皮穿刺点F(避开额窦、选择冠状缝前方、避开功能区),连接FB2、FT1,穿刺时使引流管方向同时平行于FT1和FB2所在平面即可。

Image J在脑出血穿刺定位中的应用

15. 术后CT

Image J在脑出血穿刺定位中的应用

点评:无法获取Dicom数据的情况下,应用Image J进行数据测量是一种值得推广的好方法,以往没有数字影像系统,没有接触到3DSlicer之前,常规的办法就是在胶片上用圆规进行测量,按照比例尺进行换算,误差要大一些。文中所述测量方法在一定程度上减少了这种误差。

文中所应用的定位方法另文阐述,详情请关注本公众号脑出血专题系列文章。

文章编审:曹玉福 鹤岗市人民医院神经外科

以往文章链接:

手术治疗脑出血合并乳糜样成分1例

球囊扩张通道脑出血内镜手术1例

脑出血经额手术定位法(一)

脑出血经额手术定位法(二)

脑出血经额手术定位法(三)

脑室系统解剖(一)

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

投稿启示

► 本脑出血系列专题欢迎您的投稿,无论是否涉及到应用3D Slicer均可,只要是资料齐全,有自己独到的经验和见解即可。

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Image J在脑出血穿刺定位中的应用

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

一些基层医院没有数字影像系统,留取临床影像资料还停留在胶片照相阶段,随着智能手机的普及,摄片留存影像非常方便,手机硬件升级、防抖等功能的加入使得相片的清晰度不成问题,但因相机未摆正导致照相时的畸变情况还是未能得到满意解决。今天介绍的一款软件Office Lens,可以圆满的解决这个问题。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

Office Lens 是微软官方发布的一款基于移动平台的免费应用,它能将你的手机变为便携扫描仪,让你可以随时随地捕捉、裁剪及输出文档和板书。Office Lens 使用微软研究院最新的图像处理技术,集成了图像预处理、清理和美化功能。Office Lens 不仅可以自动剪裁、修正并强化从任何角度拍摄的板书或文件,呈现清晰可读的正面图像,而且能将图片轻松转换为可编辑的 Word, PPT, PDF 文档。文档图片也可方便地保存到 OneDrive,以实现和其他设备的无缝共享。更出彩的是 Office Lens 可以根据你拍照的不同角度智能将图片文字转化为正常平面排版文字。打印文本将使用 OCR 自动识别,以便您可以搜索图像中的文字并复制和编辑它们。

软件分为安卓和IOS两种版本,为免费软件,请自行网络下载。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

自动修整、剪切、纠正畸变。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

建议拍照时将手机摆正,尽量减少畸变,拍出的照片质量更高。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

保存为本地库中或者上传到OneDrive账号共享。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

可以更改扫描时的分辨率使照片更清晰。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

图书中的图片照相容易产生畸变或者阴影等情况。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

利用Office Lens软件扫描图片。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

扫描后结果如下,可以媲美扫描版。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

利用Office Lens扫描纸质图书,保存为Word(OCR文档),会自动识别为可编辑文字。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

扫描后如保存为Word(OCR文档)需要上传到OneDrive账号,OneDrive免费注册,同步文档,使用习惯了还是很方便的。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

打开电脑端的OneDrive账号中相应的Word文档,就可以进行文字编辑了,识别率还是相当高的。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

学术会议拍摄幻灯也不错,手机拍摄是这样的。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

应用Office Lens拍摄自动抓取幻灯内容。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

保存之后见下图,自动纠正变形。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

软件设置不再赘述。

应用Office Lens软件采集CT胶片影像

期待你分享更多的软件使用心得,更多内容请关注3DSlicer社区公众号:SlicerCN

虚拟脑室AR软件提供下载

软件作者:束旭俊 解放军第82医院

软件使用方法:

  1. 软件下载:目前只支持安卓手机,不支持IOS系统。

    百度云链接:https://pan.baidu.com/s/1hsEiras

  2. 软件安装:安卓手机进行软件安装,需要说明的是发送到微信里面的软件,安卓系统会自动更改文件名为Ventri.apk.1,这个文件是不能执行安装操作的,必须将文件下载到本地,在文件管理器中搜索到这个文件,之后重命名为Ventri.apk(去掉后面的“.1”),才能继续执行安装操作。

  3. 图片准备:打印图片、用电脑或另一部手机下载图片都可以,推荐打印图片。

    虚拟脑室AR软件提供下载

  4. 打开软件,对着图片进行扫描即可呈现3D立体图像。

    虚拟脑室AR软件提供下载

  5. 双指可以对脑室模型进行缩放。

    虚拟脑室AR软件提供下载

  6. 按Rotate可以进行旋转,还可以进行脑室镜功能演示。

  7. 下面这个视频中展示的AR需要专门的Tango手机(有5个摄像头)支持,能够运动追踪和深度探测,普通手机无法达到,目前仅知道联想等两款手机支持,未上传相应的APP。

    更多3DSlicer教程请关注本网站。

3Dslicer虚拟内镜在脑出血清除术演练中的应用

作者简介:李珍珠 滨州医学院附属医院

文章所有权归属作者,如需转载或引用图文请注明作者和来源“3DSlicer社区”。本公众号长期征文,欢迎投稿,投稿邮箱:slicercn@163.com

高血压性脑出血是神经外科常见的急重症之一,虽然手术方法较多,但常常因位置深在,对脑组织的损伤不可避免。而随着神经内镜技术和设备的发展,神经内镜下和内镜通道内清除脑内血肿逐渐被重视。相比传统的开颅手术和穿刺引流术,内镜下血肿清除术对手术技巧要求更高,医者的学习周期偏长。传统手术训练多基于尸体解剖,成本较高。随着数字医学的发展,基于计算机的虚拟手术受到越来越多人的喜爱,即可降低时间成本,又可以在病人手术前制定个性化的手术预案并进行演练,最大程度的降低手术风险

3Dslicer 是一款开源免费的多平台影像处理软件,可以用于三维重建、手术策划和3D打印等。在曹主任、束主任、霍主任及王博士等各位大佬的无私奉献下,3Dslicer在国内得到了极大的普及。在学习了各位老师分享的教程后惊叹不已,受益匪浅!笔者自3年前开始接触脑出血内镜血肿清除术,出于兴趣,制作了一个虚拟内镜教程,以飨读者。

步骤和思路

1、重建血肿和整个颅脑

2、利用颅脑减去血肿得到清除血肿的颅脑

3、设置穿刺引导杆(内镜通道)

4、将清除血肿后的颅脑前去穿刺杆得到通道入路

5、在内镜通道皮肤处和血肿建立两个点

6、通过点建立虚拟内镜路径

7、运行VE

详细步骤如下

1、打开数据,重建血肿和整个颅脑。

3Dslicer虚拟内镜在脑出血清除术演练中的应用

2、利用颅脑减去血肿得到清除血肿的颅脑。由于我用的笔记本,一旦运行Segment Editor当机,只好导出StlBlender中做布尔运算了,如果大家电脑配置好直接在3DSlicer中操作就行。首先导出Stl

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再将文件导入Blender运行编辑器里的Boolean运算(文件导入;选择模型;布尔运算)。

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 3、设置穿刺引导杆(内镜通道)。

3Dslicer虚拟内镜在脑出血清除术演练中的应用

新建;选择柱状体;柱状体在空间位置;调整参数,半径为10mm

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4、将清除血肿后的颅脑减去穿刺杆得到通道入路(布尔运算) 

3Dslicer虚拟内镜在脑出血清除术演练中的应用

调整穿刺管的方向到达合适部位,合适方向。

3Dslicer虚拟内镜在脑出血清除术演练中的应用

再次运行Boolean运算,减去穿刺杆。

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导出为Stl文件,再导入3DSlicer 

3Dslicer虚拟内镜在脑出血清除术演练中的应用

注意此过程可以在3DSlicer中完成,不过我的笔记本总是当机,只好放弃,利用Blender

5、在内镜通道皮肤处和血肿建立两个点。

3Dslicer虚拟内镜在脑出血清除术演练中的应用

6、通过点建立虚拟内镜路径。

3Dslicer虚拟内镜在脑出血清除术演练中的应用

7、Makerup中隐藏所有的点,回到VE中点击Play运行。

3Dslicer虚拟内镜在脑出血清除术演练中的应用

3Dslicer虚拟内镜在脑出血清除术演练中的应用

通过Model隐藏血肿可以看到清除血肿后的视野了,暂停Play后可以各个方向观察下视野。

高血压脑出血是临床危急重症,一分不可耽误,如果训练,大家可以多拿自己做过手术的病人术前术后模拟,更可以将DSACTAMRI融合一起做内镜模拟,更加有利于对解剖理解。 不妥之处,恳请大家批评指正。

文章审校曹玉福 鹤岗市人民医院神经外科三病房

3Dslicer虚拟内镜在脑出血清除术演练中的应用