3DSlicer定位零基础06-图像校正

作者:曹玉福

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 脑出血定位贴定位零基础 06 

DICOM数据成功导入到3DSlicer中,部分图像会发生变形,这是由于扫描时机身倾斜所致。本文分别介绍应用3DSlicer和医三维对图像进行校正的方法。

一、练习素材

可在下面3DSlicer中文论坛中的帖子中下载练习数据:

https://forum.slicercn.com/t/topic/1722

3DSlicer导入数据后,二维切片视图中可见图像出现畸变,必须进行校正之后才能进行后续操作。

脑出血定位贴定位零基础之图像校正

二、3DSlicer校正法

参见3DSlicer社区微信公众号相关文章:

1、利用3D-Slicer校准畸变图像 王奎重

2、CT图像畸形校准 谢国强

三、医三维校正法

1、导入数据到医三维

脑出血定位贴定位零基础之图像校正

2、调整OM线

脑出血定位贴定位零基础之图像校正

3、导出DICOM数据

导出的文件目录可以通过设置菜单进行查看或更改,工作空间路径就是存放转换之后DICOM文件的目录,复制这个目录。

脑出血定位贴定位零基础之图像校正

复制目录后打开Mango软件,选择Open菜单中的Open DICOM Folder,粘贴一下复制的文件目录,转换一下就可以应用在3DSlicer了。具体转换过程参见上节课。

图文教程请参考公众号文章:

校正3Dslicer畸变图像之医三维法 罗俊杰


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脑出血定位帖定位零基础系列

3DSlicer定位零基础05-数据导入

作者:曹玉福

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 脑出血定位贴定位零基础 05 

3DSlicer数据可以直接导入到3DSlicer中,也可以应用Mango、dcm2niigui、医三维等软件转换后,再导入到3DSlicer中应用。优缺点各不相同,选择最适合自己的就好。

一、3DSlicer导入

1、DICM菜单导入

从CT或MRI工作站刻盘取得DICOM数据后,复制到电脑中,注意文件名称和路径不能为中文,否则会出现导入失败。点击3DSlicer的DICM菜单即可进入到导入界面。

脑出血定位贴定位零基础之数据导入

导入数据的时候,界面下方的下拉对话框需要选择Add Link或者Copy,默认为Add Link。Add Link只是加入一个链接,而Copy则是将数据复制到3DSlicer的默认保存路径:

C:UsersAdministratorDocumentsSlicerDICOMDatabase

脑出血定位贴定位零基础之数据导入

2、文件夹拖入法

将包含DICOM数据的文件夹拖入到3DSlicer界面中即可导入到默认目录中,应用时从DICM菜单中打开患者的数据即可。

脑出血定位贴定位零基础之数据导入

二、Mango转换后导入

Mango软件可以将混杂在一起的文件按照患者及序列自动进行区分。

脑出血定位贴定位零基础之数据导入

打开相应的序列后,再保存为nii.gz文件,拖入到3DSlicer软件中即可应用。

脑出血定位贴定位零基础之数据导入

三、dcm2niigui转换后导入

软件转换选择Compressed FSL(4D NifiTi nii)或者FSL(4D NifiTi nii)均可。

脑出血定位贴定位零基础之数据导入

将文件夹拖入到软件界面,很快即可完成转换,转换后的nii文件自动保存在文件夹里。将nii文件拖入到3DSlicer界面中即可完成数据导入。

脑出血定位贴定位零基础之数据导入

四、医三维转换后导入

如上述数据导入时出现下图中图像畸变的情况,可以应用医三维软件进行转换,顺便把OM线也调整了。医三维目前只有Windows版本,3DSlicer中文论坛有软件的用法及下载地址,这里不再赘述。

https://forum.slicercn.com/t/topic/242

用于练习的数据下载地址:

https://forum.slicercn.com/t/topic/1722

脑出血定位贴定位零基础之数据导入


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3DSlicer定位零基础04-数据获取

作者:曹玉福

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 脑出血定位贴定位零基础 04 

3DSlicer应用的数据主要从CT、MRI、PACS系统取得,数据格式为DICOM,部分医院的PACS系统只提供PNG格式的图像数据。因DICOM数据不仅包含图像信息,而且包含姓名、年龄、检查时间、机器参数、空间位置等信息,而PNG格式图像是不包括这些信息的。虽说3DSlicer也能处理PNG格式,但因缺少必要的信息,需要手动输入层距等数据,而且图像质量欠佳。今天介绍如何取得用于图像处理的DICOM数据。

一、光盘刻录

从CT或MRI工作站刻盘,因会延误到技师的操作时间,遇到患者量大的时候往往不能及时刻盘。而刻录光盘要收取工本费,物价部门的定价非常低,一旦刻录机损坏,可不是几百块能解决问题的,希望医生和技师相互理解,良好沟通。

二、U盘导出

几乎所有的工作站都会限制USB口,只有工程师才有权限打开,原因很简单,一旦U盘染毒,会导致数百万的工作站瘫痪。如果USB口恰巧没有限制使用,而我们又有一个新买的U盘,那也可以试一试,至少每次使用前需要重新格式化一次,而且必须是在安装有杀毒软件的电脑上进行格式化。需要说明的是,即使格式化后的U盘,也可能会带有病毒的。

三、PACS系统导出

绝大多数医院是都有PACS系统,应用PACS系统可以非常容易的导出数据。因每个厂家的PACS系统不同,导出数据的方法也不一样。

1、医众工作站:

医众工作站是将患者的数据上传到云端的,在医众工作站里面即可检索到需要的数据,查看患者数据的时候,可以通过设置自动将DICOM数据下载到本地,打开下载文件夹直接可以进行应用。

脑出血定位帖定位零基础之数据获取

2、华海临床医生工作站

打开华海临床医生工作站,找到患者的影像资料图,记下患者相关信息:① 检查日期;② 影像号;③ 图片数量。浏览后的图片被自动下载到电脑的temp目录里(一般在C盘的根目录下,如C盘根目录下没有可咨询PACS系统工程师),打开temp文件夹,发现文件夹是按照检查日期自动命名,打开相应检查日期的文件夹,发现不同患者的数据存放在以影像号命名的文件夹中。按照记录的影像号查找相应的文件夹并打开,可以看到数量相符的一组tmp文件,将找到的文件通过U盘复制导出即可。

脑出血定位帖定位零基础之数据获取

山西省晋中市榆次区人民医院神经外科 布鑫 提供

3DSlicer中文论坛原贴:

https://forum.slicercn.com/t/topic/239

四、在线获取

需要获知Storage AETitle和Storage Port参数。

脑出血定位帖定位零基础之数据获取

五、示例数据

在3DSlicer的Sample Data模块中进行下载,默认保存路径为:

C:/Users/Administrator/AppData/Local/Temp/Slicer/RemoteIO/

脑出血定位帖定位零基础之数据获取

下载文件名称列表

脑出血定位帖定位零基础之数据获取

如出现下载困难的情况下,可以在3DSlicer中文论坛打包下载示例文件后,解压缩到默认路径中,论坛文件下载地址:

https://forum.slicercn.com/t/topic/1717

六、3DSlicer中文论坛数据

3DSlicer中文论坛上传一些用于练习的数据,下载地址:

https://forum.slicercn.com/t/topic/198

https://forum.slicercn.com/t/topic/1722

脑出血定位帖定位零基础之数据获取


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血定位帖定位零基础系列

3DSlicer定位零基础03-模块简介

作者:曹玉福

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 脑出血定位贴定位零基础 03 

3DSlicer的强大功能依赖于众多的模块(插件),因为开源世界各地的编程爱好者都可以根据需要创造新的模块。3DSlicer软件目前自带模块100余个,还有扩展模块100多个,扩展模块需要进行安装后使用,初学者面对众多的模块往往一头雾水,不知道应该安装哪个模块。这里对常用模块做一个简介。

一、Diffusion(扩散)

  • ResampleDTIlogEuclidean:DTI重采样。

  • SlicerDMRI:SlicerDMRI是Slicer Diffusion MRI功能的扩展。

  • UKFTractography:该模块使用多张量无迹卡尔曼滤波器方法跟踪DWI中的纤维束。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

二、Exporter(输出)

  • SlicerToKiwiExporter:该模块为Slicer用户提供了将模型导出到KiwiViewer场景文件的简便方法。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

三、IGT

  • GyroGuide:3D Slicer的python扩展可以帮助外科医生规划穿刺方向。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

四、Informatics(信息)

  • CurveMaker:这是一个基于基准点列表生成曲线的模块。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

  • MarkupsToModel:从标记基准节点的点创建管状或闭合表面模型。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

五、Segmentation(分割)

  • ROBEXBrainExtraction:这个扩展旨在从头骨中提取大脑。该工具使用T1 MRI图像进行了深入测试,但可应用于任何其他结构MRI图像,即T2和PD。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

  • SegmentEditorExtraEffects:Segment Editor的分割工具。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

  • VolumeClip:使用曲面模型和ROI框剪辑体数据。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

  • SwissSkullStripper:用于MR和CT头部的颅骨剥离模块。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

  • Autoscroll:使用切片范围和速度自动滚动切片。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

  • PETTumorSegmentation:PET扫描中的肿瘤和淋巴结分割。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

  • Slicer-Wasp:用于执行一系列ITK分水岭分割(无种子),然后让用户从所选组件中创建标签图。还将生成等值面模型。

六、Training(训练)

  • PedicleScrewSimulator:用于椎弓根螺钉插入训练的模块。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

七、Virtual Reality(虚拟现实)

  • SlicerVirtualReality:允许用户使用虚拟现实与Slicer场景进行交互。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

八、Web System Tools(网络系统工具)

  • DatabaseInteractor:此扩展可以与数据库和本地文件夹中的在线数据进行交互。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

九、Cameras(摄像机)

  • VideoCameras:此扩展包含用于与静态和摄像机交互的模块(校准,捕获等)。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

十、Cardiac(心脏)

  • CardiacAgatstonMeasures:该模块将自动分割心脏CT扫描中的冠状动脉钙化,然后计算Agatston评分和标签统计数据。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

  • SlicerHeart:用于心脏分析和干预计划和指导的模块。

脑出血定位帖定位零基础之模块简介

如进行脑出血定位需要安装的常用模块:CurveMaker(曲线测量)、GyroGuide(规划穿刺方向)、VolumeClip(体数据剪裁)、SegmentEditorExtraEffects(Segment Editor扩展工具)。

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3DSlicer定位零基础02-模块安装

作者:曹玉福 

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 脑出血定位贴定位零基础 02 

3DSlicer的模块分为自带模块和扩展模块,扩展模块在安装完软件之后需要单独进行安装,安装之后重启软件即可应用,扩展模块有100多个,按需安装即可。

一、进入扩展模块管理器

下列3种方式任选其一即可

1、软件欢迎界面中点击Install Slicer Extemsions进入

2、软件菜单栏中点击图标Extemsion Manager进入

3、快捷键:Crtl+4

脑出血定位贴定位零基础之模块安装

二、扩展模块管理器简介

1、Manage Extensions:管理已经安装的扩展模块,可以对扩展模块停用、卸载,以及了解扩展模块的详细信息。

脑出血定位贴定位零基础之模块安装

2、Install Extensions:分类列出可以进行安装的扩展模块,需要说明的是某些扩展模块安装之前需要先安装其他扩展模块才能运行。未安装的模块显示为INSTALL,已安装模块显示为UNINSTALL,点击UNINSTALL会变成UNINSTALL,重启后将会被卸载。

脑出血定位贴定位零基础之模块安装

3、Restore Extensions:恢复扩展模块,旧版本中已安装的扩展模块有些可以继续应用在新版本中,可在此界面中进行选择安装或删除操作。勾选需要安装的扩展模块后选择Install Selected即可完成相应模块的安装,不用从服务器重新下载。未勾选的不会被安装,显示为灰色的模块提示不支持当前新版本,只能在Install Extensions中进行安装。

脑出血定位贴定位零基础之模块安装

三、安装扩展模块(Install Extensions

左侧Categories是模块类别,右侧是扩展模块的图标及名称列表显示。点击INSTALL即可进行安装。以ROBEXBrainExtraction为例,安装成功后蓝底显示的INSTALL将变成绿底显示的UNINSTALL

脑出血定位贴定位零基础之模块安装

四、停用扩展模块Manage Extensions

点击Disable将停用此模块,软件重启后在扩展模块管理器中相应模块图标已变成灰色。重新启用此模块时点击Enable,模块图标恢复到正常颜色,重启软件即可正常使用。

脑出血定位贴定位零基础之模块安装

五、卸载扩展模块Manage Extensions

点击Uninstall将卸载此模块,重启后在管理界面中消失。

脑出血定位贴定位零基础之模块安装

六、模块安装失败的解决方案

详见论坛文章:关于扩展模块(插件)问题汇总

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3DSlicer定位零基础01-软件安装

作者:曹玉福 

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 脑出血定位贴定位零基础 01 

常用的软件有3DSlicer、医三维、Mango、dcm2niigui,后面3个软件主要用于数据转换及纠正畸变图像。今天介绍3DSlicer软件的下载、安装。

一、3DSlicer下载

官网地址为:https://download.slicer.org

脑出血定位贴定位零基础之软件安装

翻译一下

脑出血定位贴定位零基础之软件安装

说明:

软件只能安装在64位的操作系统中,微软的Windows系统,苹果系统,Linux系统(红帽、Ubuntu、深度等)都可以进行安装。

稳定版本:修复了很多bug,并进行了一些优化,使用比较稳定,目前版本为4.10.0。

每晚建造:是指开发者体验版,修复很多bug的同时也会存在一些bug,特点是每周都有更新,而且可以提前体验一些新的模块和功能改进。

因软件在国外的服务器上,如果存在下载速度慢等情况,可以到3DSlicer中文论坛(https://forum.slicercn.com/t/topic/40/7)中进行下载。论坛注册才能发帖提问,需要提供真实邮箱地址才能注册成功。

二、3DSlicer安装

下载成功的3DSlicer文件大约180M左右,2019年1月16日下载的每晚构建文件的名称为:Slicer-4.11.0-2019-01-14-win-amd64.exe。提示版本是4.11.0版,2019-1-14更新,适合安装在64位Windows系统中。

安装过程一分多钟即可完成。

脑出血定位贴定位零基础之软件安装

 

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