3DSlicer扫盲18问

3DSlicer扫盲18问

1、什么是3DSlicer?

3DSlicer是:
  • 用于医学图像的分析(包括配准和交互式分割)和可视化(包括3D渲染)以及用于图像引导治疗研究的软件平台。
  • 适合多种操作系统的免费开源软件:Linux,MacOSX和Windows。
  • 可扩展,具有强大的插件功能,可添加算法和应用模块。
功能包括:
  • 多器官:从头到脚。
  • 支持多模态成像,包括MRI、CT、US、PET、超声和核医学等。
  • 设备的双向接口。
  • 可以对病灶进行建模、3D打印,定位、制定手术规划、手术预演、与家属交代病情、多模态融合(比如镰旁脑膜瘤患者将肿瘤、纤维束、动脉、静脉全部融合在一起)。
使用没有任何限制,目前多应用于研究,发文章不错哦。
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2、我在哪里可以下载3DSlicer?

  1. 可以通过访问官方网站下载3DSlicer:https://download.slicer.org
  2. 您还可以使用下载页面中的offset参数获取旧版本。例7天前的下载页面:https://download.slicer.org/?offset=-7
  3. 国外服务器下载失败可以在国内服务器上进行下载,网址为:https://forum.slicercn.com/t/topic/40
  4. 下载页面包含以下参数:
  • 稳定版本,旧版本,预览版
  • 操作系统:windows、macosx或linux
  • 版本号:version ~
  • 修订版本号:revision ~
  • 修订日期:built ~
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3、我在哪里可以下载更早版本的3DSlicer?

旧版本的3DSlicer下载地址:
http://slicer.kitware.com/midas3/folder/274

4、3DSlicer是否有中文版本?

虽然3DSlicer社区曾对早期版本进行了汉化工作,但由于3DSlicer版本更新速度太快,新版本又增加了很多新的模块,并且针对以往的Bug做了改进,算法得到了优化。限于精力目前不再进行中文版本的更新工作。Slicer使用美国英语惯例,目录路径仅能使用ASCII字符,所以不能有中文的文件目录和路径,也不支持中文的文件名。

5、如何安装Slicer?

打开下载网页:http://download.slicer.org单击与您操作系统对应的链接进行下载,操作系统必须是64位的。
Linux系统:根据需要替换以下命令中的版本
”(replace version number as appropriate)”
$ tar xzvf ~/Downloads/Slicer-4.6.2-linux-amd64.tar.gz -C ~/

 

 

$ cd ~/Slicer-4.6.2-linux-amd64

$ ./Slicer

关于某些Linux发行版的注意事项可能需要额外的软件包,例如对于Debian Linux 9上的Slicer 4.9,如果您遇到错误的库,则可能需要运行此命令:
sudo apt-get install libpulse-dev libnss3 libasound
Windows系统:双击下载的Slicer-4.10.2-win-amd64.exe程序,按照屏幕上提示进行安装即可。
Mac OSC系统:双击下载的Slicer-4.10.2-macosx-amd64.dmg程序包,拖放Slicer.app到桌面或应用程序中。

注:3DSlicer不能应用在安卓或苹果的手机系统。

6、3DSlicer真的免费吗?

3DSlicer是真正免费使用的,而且开放源代码,并没有像其他软件试用版本的功能缩减。

7、我在哪里可以找到3DSlicer爱好者?

官方有一个Slicer社区开放论坛,英文交流。
https://discourse.slicer.org
国内我们也建了一个Slicer中文论坛,注册人数超过2500人,中文交流更方便。
https://forum.slicercn.com
同时我们还有四个微信交流群,如果您对3DSlicer感兴趣,可以加caoyufu微信好友,注明姓名医院专业,方便拉入微信群进行交流学习。

8、我可以使用3DSlicer对病人进行治疗吗?

在美国3DSlicer目前用于研究工作,没有FDA批准或任何其他组织的批准应用于临床。使用3DSlicer的用户有责任遵守当地所有法律法规以及道德和伦理准则。在国内不建议将3DSlicer作为诊疗的唯一手段。
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9、3DSlicer无法启动怎么办?

在Slicer-4.10中运行Slicer的计算机必须支持OpenGL 3.2,在Windows 10上运行的英特尔集成GPU和一些NVidia GPU(Quadro系列)现在均支持运行当前的OpenGL版本但是,在虚拟机上或通过远程桌面连接到计算机时,可能无法满足此最低要求。另外操作系统需为64位系统。

10、如何卸载Slicer?

  • 在Windows上,从“开始”菜单中选择“卸载”选项。要清理设置和扩展模块,请删除“C:Users〜AppDataRoamingNA-MIC
  • 在Mac上,删除Slicer.app文件。要清理设置,请删除“〜/ .config / www.na-mic.org /
  • 在Linux上,删除应用程序所在的目录。要清理设置,请删除“〜/ .config / NA-MIC /
  • 注:“〜”为用户名

11、我在哪里可以找到3DSlicer教程?

  • 可通过访问以下链接获得与最新4.10稳定版本相关的3DSlicer英文教程: https://www.slicer.org/wiki/Documentation/Nightly/Training
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  • 中文用户可以访问“临床影像实践”,网址为:https://www.slicercn.com,原来的名称3DSlicer社区,因包含英文名称和社区字样,审核无法通过,现在停用。

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  • 可以在3DSlicer中文论坛中发帖提问及交流使用经验,网址为:https://forum.slicercn.com

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  • 可以关注公众号:3DSlicer社区(SlicerCN)不区分大小写,里面有很多零基础的教程和临床应用案例。
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12、我应该使用哪种3DSlicer版本?

  • 通常情况下Slicer3和Slicer4在基础操作方面具有大致相似的功能,但是Slicer3版本不再被主动维护。
  • Slicer4在过去几年中已经修复了数百个错误,不仅扩展了功能,而且经过优化获得了更好的性能。而且sliceer4现在使用ITKv4,其在许多情况下能提供更好的结果。
  • 目前建议应用稳定版:Stable Release:4.10.2(修订版28257),需要注意的是稳定版的修正版本号也在更新。
  • 如果想尝试更多新加入的功能模块,可以同时在电脑中安装预览版。

13、3DSlicer能够应用的数据都有哪些格式?

3DSlicer能够应用的最基本的格式为DICOM,DICOM格式包含有患者姓名、医院、检查日期、扫描方式、层厚等参数,通常CT和MRI扫描都会生成DICOM格式。我们要取得这些数据最简洁的方式是通过PACS系统,或者到影像科刻录光盘。其次Slicer也可以处理nii、nii.gz、nrrd、img等格式。

3DSlicer也可以处理一系列的jpg、tiff或png格式,但需要知晓图像的比例尺和层厚数据,处理的效果远不如DICOM。具体载入方法请参照公众号SlicerCN中的相关文章。

14、为什么没有开发Windows 32位程序?

Win 32的应用程序可用内存非常有限,不超过4G,某些算法会将内存耗尽而导致电脑死机。而3DSlicer运行的内存最小要求应该是8G,因为硬件的原因但用户会以为是3DSlicer软件的问题,所以官网也不提供32版本的更新。

15、轴位图像很清晰,但是冠状位和矢状位图像模糊什么原因?

应用于3DSlicer三维重建的数据仅需要轴位、矢状位或冠状位其中之一即可。如导入到3DSlicer中的图像为轴位图像时,3DSlicer会根据轴位图像重建矢状位和冠状位图像,此时如果轴位图像扫描层厚偏大时,轴位图像为原始图像,一般会很清晰,而重建之后的矢状位和冠状位图像则会模糊。要想达到满意的重建效果,建议影像扫描层厚1mm以下,血管重建建议0.625mm。
如下图所示为扫描层厚5mm的头颅CT数据重建效果,原始数据为24幅轴位图像。
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下图为扫描层厚0.625mm的头部CTA数据重建效果,原始数据为579幅轴位图像(包括头颈部)。
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16、导入数据后界面无图像显示是什么原因?

  • 首先要检查一下数据目录及路径是否为中文,文件名是否为中文,3DSlicer软件不支持中文。
  • 导入出错的其他原因可以参照公众号文章,数据导入教程。也可在3DSlicer中文论坛中搜索“数据”查看相关文章。

  • 数据导入的4种方法:https://forum.slicercn.com/t/topic/265

  • 也可以应用第三方软件转换成nii、nii.gz格式后再导入到3DSlicer中。常用的软件有Mango、Dcm2nii、MRIConvert等,3DSlicer中文论坛中均有下载地址。

17、安装3DSlicer后界面缺少一些插件怎么办?

我们习惯将3DSlicer中的插件称作模块,一些模块是3DSlicer自带的,还有100多个模块是需要在线进行安装的。具体的安装方法可以参照3DSlicer中文论坛中的“关于扩展模块(插件)问题汇总”贴,论坛搜索“模块”即可。

18、什么样配置的电脑能够流畅运行3DSlicer软件?

主流的游戏本电脑为首选,建议多核CPU、内存至少8G,独立显卡GTX1060 4G显存以上配置,最好再配置一块SSD硬盘,读取数据会更快,笔记本电脑屏幕建议15.6英寸或17.3英寸(便携性差)。
推荐几款配置:
  • 神州战神Z7-CT5NS:i5-9300H/GTX1660Ti/16G内存/512G SSD/窄边框/15.6吋IPS屏(性价比高)
  • DELL G系列G3(旧模具性价比高) 15.6英寸游戏本i7-9750H 16G内存 512G SSD GTX1660Ti MQ6G独显 FHD屏幕(上门售后,只换不修,可以延保)
  • DELL G系列G7(新模具更好看) 17.3英寸高端游戏本 G7 7790-R1785B i7-9750H 16G内存 512G SSD RTX 2070MQ 8G独显 FHD屏幕(比外星人性价比高)
  • 注:以上推荐仅作为2019年购买笔记本电脑的参考,因硬件升级很快,2020年很快这样配置就不是主流了,以上仅供大家参考,因购买后出现质量及体验问题,本人概不负责。

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