利用3DSlicer对JPG、BMP、TIF等格式图像三维重建


济南军区总医院神经外科 王奎重

3D Slicer医学重建软件对图像有强大的三维重建功能,以前曹主任介绍过利用原始DICOM数据导入的方法有很多,我也介绍过对于不同机器及软件导出标准格式的DICOM 图像,可以方便的被slicer软件读取及重建。但在很多情况下,机器只能对外输出8位灰度值的jpg格式图像(灰度值0-255),或者输出的DICOM格式图像里面的重要扫描参数被删除,变成非标准DICOM格式图像,Slicer无法进行读取及三维重建。这里介绍如何利用JPG图像进行三维重建。

首先要准确计算JPG图片上对应xyz轴方向上的像素值大小,参考以前教程

1.打开3D Slicer,点击左上角DATA模块,弹出对话框,找到要导入的一个序列的JPG图片所在文件夹。注意是一个序列多张图片,图片编号按数字排列,否则不能三维重建,也不能通过DICOM模块导入,因为不是标准格式的矢量图片。

2.再弹出的导入图片对话框中仅选择第一张图片,点击show options按钮,去掉single file前选项。最后点击OK按钮即可。对于BMP格式图片,默认的是scalar overlay选项,要选择volume。

3.点击volume模块,在imge spacing后面输入图片的像素大小,从左到右依次为X、Y、Z轴方向。

4.对调整参数满意,重建好的图片及时进行保存,保存时要更改格式为nrrd,否则只保存单张图片。

5.对图片进行VR重建或建模。

6.有的图片导入后尽管输入像素数值无误,但只能进行矢状位及冠状位的MPR重建,仍不能进行VR重建及建模,系jpg图片导出时问题,需要修改DICOM文件表头标识符内数据,步骤稍微繁琐,不再赘述。当然,举一反三,也可以用一个序列的bmp、tif等格式图片进行三维重建。

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