3DSlicer教程(011)血肿建模(七)

【教程011】血肿建模(七)
导言

3D Slicer教程已经简介了阈值法、笔刷法【1】、魔杖法、快速推进法、稳健统计法、种子点法进行血肿建模操作,此教程将介绍应用模块GrowCutEffect的建模方法,数据加载及建模过程不再赘述,详见教程004,文末有链接。本系列教程的初衷主要想起到一个抛砖引玉的作用,希望对大家有所启发。再次重申,3D Slicer目前只作为科学研究,因学习本教程应用于临床所导致的一切后果与本教程编辑人员无关,属于个人行为,后果自负。

07GrowCutEffect(图像分割法)

GrowCutEffect是一个功能强大的算法,通过选择不同的颜色在前景和背景区域进行绘画,至少要有2种颜色才能正常运算,暂且称作图像分割法(名称有待商榷)需要特殊说明的是GrowCut只能在Short格式上正确运行,如果图像不是Short格式需要应用Cast Scalar Volume模块进行转换。

3DSlicer教程之血肿建模(七)

转换完成后进入Editor模块

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首先选中颜色序号5PaintEffect笔刷)工具涂画血肿中心区域

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再选中颜色序号1PaintEffect(笔刷)工具涂画血肿周围区域

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应用GrowCutEffect工具运行计算

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运行结果如下图,可见血肿上下层面染色不全。按快捷键H调出导航线,按住键盘Shift键可使三个位置(轴位、冠状位、矢状位)同步变化到对应点,分别选中未染色区域的中心层面。

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应用PaintEffect(笔刷)工具重复以上步骤对未染色中心区域进行染色如下图

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再次应用GrowCutEffect工具运行计算

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应用SaveIslandEffect工具去除血肿周边染色之后建模

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操作要点:

① 笔刷染色选取颜色时直接在Lable框里面键入颜色序号即可,如果通过Add Structure增加颜色时,需要进行Merge All(合并所有)操作。

血肿及周边区域染色时需要应用两种不同的颜色。

③ 病灶体积不大时涂画一个层面即可,否则需要涂画多个层面。

④ 可以3D立体涂画,那样在一个界面即可完成,虽然简洁但对涂画要求略高,不能越界涂画(文末链接视频中有演示)。

如果出现下面的对话框提示图像不是“short”格式,首先需要在模块Cast Scalar Volume中进行转换。

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备注:目前选择区域图像为“float”格式,标签图像为“short”格式。GrowCut只能在“short”格式上正确运行。如果对选择区域图像不满意,可以将选择区域图像和标签图像转化成“short”格式(用Cast Scalar Volume模块)或者安装FastGrowCut扩展,使用其中的Fast GrowCutEffect编辑工具【2】

FastGrowCutEffect工具集成在Editor模块中,支持多标签操作,功能更强大,需要在扩展模块中进行安装。

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血肿及周边区域的染色与前相同,染色完成后,选中模块并运行。

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快捷键G为开始运行,S为种子图像与分割结果之间进行切换,R为重置,具体操作过程省略。

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实际上图像处理软件部分工具的使用及有些操作与3D Slicer有些算法有相通之处。

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致谢:本教程得到3D Slicer研讨群诸位同仁的大力协助,在此一并致谢!他(她)们是:束旭俊、霍贵通、霍显浩、李珍珠、王奎重、程世奇、蓝欢、彭逸龙、赵端允、朱明启、江永、罗帷、谢国强、范恒怡、王宏瑜、李闯、袁饶饶、朱江、石海平等(排名不分前后)。

【1】霍显浩 宁夏医科大学

【2】束旭俊江苏省淮安市解放军第82医院

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3D Slicer系列教程

001 软件安装及设置

002 数据导入

003 MRA实体重建

005 颅内病变体表定位

004 血肿建模(一)

006 血肿建模(二)

007 血肿建模(三)

008 血肿建模(四)

009 血肿建模(五)

010 血肿建模(六)

更多教程请关注公众号:鹤岗神经外科(HGsjwk)

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