DTI教程04-数据转换高阶

【04】DTI数据转换高阶

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常见错误

(Common error)

转换过程中比较常见的错误为缺少b值和梯度方向参数而出错,尤其在转换Siemens数据的时候。有时并非真正的缺少相应的参数,而是转换模块没有正确读取,这时候我们需要应用到另外一个软件MRICron。

另一个转换软件

(MRICron)

MRICron为医学图像查看器,适用于Windows、Linux 和OSX操作系统。软件包含用于转换DICOM图像的转换程序dcm2nii和dcm2niigui,dcm2nii为命令行程序,dcm2niigui是图形用户界面,我们要用到这个小程序。

程序界面如下:转换选项有下列几个,选用FSL(4D NIFTI nii)或Compressed FSL(4D NIFTI nii)均可,前一个转换后扩展名为.nii,后一个转换后为压缩格式,扩展名为.nii.gz。

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软件用法

(Conversion method)

只需将数据文件夹拖放到软件界面即可自动转换,转换后查看下级目录,应该至少有三个文件,分别为转换后主数据文件(.nii.gz)、b值数据文件(.bval)和梯度信息文件(.bvec)。

 

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转换后的.bval和.bvec文件可以用记事本或写字板打开查看相应信息。

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转换方法

(Conversion method)

转换选项选择FSLToNrrd,Output DWI Volume file填写为DWI,NiftiFSL To Nrrd Conversion Parameters(转换参数)选填为转换好的相应文件,点击Apply即可完成转换。

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更多转换问题可在论坛发帖提问,必要时需要提供所有原始数据。论坛网址参见文末。

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     作 者     
  • 曹玉福:鹤岗市人民医院神经外科

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文章链接:

1、DTI教程01-DTI简介及软件安装

2、DTI教程02-数据转换初阶

3、DTI教程03-数据转换中阶

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