DTI教程02-数据转换初阶

【02】DTI数据转换初阶

DTI教程02-数据转换初阶

DWIConvert模块描述

(Module description)

DTI 是一种更高级的弥散加权成像形式,是 DWI 基础上的新的 MR 成像技术,它利用多种参数和数据处理,从量和方向上反映成像体素内扩散的变化,可以定向定量地评价脑白质的各向异性。

DWI属于普通的弥散加权成像,只有弥散系数一个标量值用来描述弥散,而在 DTI 中,组织内水分子的位移情况至少在 6 个方向被测量,张量本质上是一幅三维空间的方向矢量图。

3DSlicer中利用DWIConvert模块可将DTI扫描序列中的DWI图像转换为Nrrd格式,通过解析头文件以提取关于测量帧(Measurement Frame),梯度方向(Diffusion Weighting Directions),扩散敏感系数-b值(B-values)等必要信息才能正确转换。该转换程序目前支持GE、Phillips、Siemens等机器扫描的数据。

DWIConvert模块选择

(Diffusion-weighted-DICOM Import)

在模块列表中选择:Diffusion → Import and Export → Diffusion Weighted DICOM Import(DWIConvert)

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或者在模块搜索栏中进行模糊搜索,例如搜索“dwico”即可找到相应模块。

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DWI数据筛选

(Data screening)

DTI弥散张量纤维束成像的数据要求必须为原生的DICOM数据,而不是经过工作站处理过的“半成品”,处理过的数据“Fa”是可以直接应用的,而彩色的DTI图像就不能应用。当然也不是普通的弥散加权扫描数据。

选中正确的文件目录才可正确进行转换,而我们得到一个患者的数据,往往有很多不同种类的扫描序列,都包含在一个文件目录中,这个文件目录中有若干个文件夹和文件,文件夹中可能还有子文件夹,确保要进行转换的文件夹中不包含子文件夹,且不是多种序列文件混在一起才行。多种数据混在一起时,需要手动将所需要的序列拷贝到一个单独的文件夹中。

模块界面

(Module panel)

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Parameter set:参数设置的项目名称

Conversion Options:转换菜单有四个选项

  • DicomToNrrd:Dicom文件转换成Nrrd文件

  • DicomToFSL:Dicom文件转换成FSL文件

  • NrrdToFSL:Nrrd文件转换成FSL文件

  • FSLToNrrd:FSL文件转换成Nrrd文件

Input DWI Volume file:输入DWI数据文件

Output DWI Volume file:输出DWI数据文件

Input Dicom Data Directory:输入要转换的Dicom数据的目录

参数设置

(Parameter settings)

标记为红色字体的三个参数要进行设置,选中DicomToNrrd模式,Output DWI Volume file(输出DWI数据文件)中选择新建输出文件并命名为“DWI”。

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选择Input Dicom Data Directory(输入要进行转换的DICOM数据的目录)

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西门子机器要选择Use BMatrix Gradient DIirections(使用BMatrix梯度直方图),其他机器不选,其他选项默认即可。

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点击Apply(应用)即可进行转换。

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数据保存

(Data save)

数据保存为nrrd格式,下次直接载入此nrrd文件即可,无需再次进行转换。

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数据也可以保存为.nhdr和.raw.gz格式,其中.nhdr文件可以用记事本或写字板打开查看b值和梯度方向等参数。

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其中.nhdr文件可以用记事本或写字板打开查看b值和弥散方向信息等参数,如果转换后的文件无法用于后续纤维束成像,可以通过查看此文件的信息了解是否因梯度方向参数错误而导致转换失败。

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     作 者     
  • 曹玉福:鹤岗市人民医院神经外科

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文章链接:

1、DTI教程01-DTI简介及软件安装