济南军区总医院神经外科 王奎重
利用3D Slicer进行图像三维重建或DTI纤维束重建等过程中,有人第一步就卡壳了,拿着CT或MRI机器刻录好的原始数据光盘却无法导入影像数据。有人会抱怨机器刻录的光盘不行,可在原来的机器上还是能正常读取它自己刻录的光盘数据。除了坛子里介绍的3D Slicer本身的设置问题外(如导入路径中不能出现中文字符等问题),常见问题就是通常大家所说的不同厂家影像工作站刻录的数据格式“不兼容”。有的图片在PACS系统传输过程中为了增加传输速度进行了压缩,有的不是标准的DICOM格式图片。比较常见的有.img格式的图片,也有raw等格式,甚至有的影像图片连后缀名也没有。
这些不同格式图片可以用刻录光盘的自带浏览器阅读,但一般这些自带的浏览器读取图片速度慢,后处理功能少,大多数仅能保存JPG格式的图片。这里介绍利用efilm第三方软件把光盘内的原始图片转化为标准的DICOM格式,可供3D Slicer读取导入。
1.官网上下载efilm workstation软件,安装完毕后一定期限内免费使用,efilm2版本只能在XP系统上安装,efilm3以上版本可以在vista及win7、8、10系统上安装。打开软件,弹出搜索对话框。依次点击①光盘图标→②path按钮→③desktop文件夹。点击desktop的+号,找到我的电脑→光盘(G盘)→目录文件,一般名称为DICOMDIR,选中该文件。点击④search,即可找到光盘中的患者信息。
2.点击view按钮可看到图片。要想把图片保存为DICOM格式,鼠标点击该图片,可见图片周围变成绿色虚线框,点击①Im,可见该序列所有图片右下角均出现②黄色小方块,点击file→③save as进行保存。如果不点击①Im而直接点击图片右下角,出现黄色小方块,此时只选中了该张图片而不是整个序列的所有图片,再点击右下角黄色方框,则该黄色框消失,说明该图片未选中。
3.弹出保存对话框,找到合适的储存文件夹,新建一个文件名,点击保存,即可保存为DICOM格式图片。可以利用3D slicer软件导入这些图片了。
4.下面介绍如何利用efilm转化出DICOM格式图片让3D slicer读取,为DTI做准备。首先利用efilm导入完整的DWI序列图片,依次点击file import→dicom image(s)→desktop→my computer→disk(G:),即可导入光盘目录下所有DICOM格式图片到本机磁盘上。在search对话框的本机磁盘上寻找到该患者,在搜索对话框内依次点击local exams→患者→burn to media。
5.在弹出的刻录对话框中,package title下输入一个名字,点击该患者左侧+号,可以看到很多序列,其它无用序列统统删除(点击remove按钮),仅保留需要的DWI序列(有的序列名字以DTI开头,如DTI 50 directions)。注意选中DICOMDIR-IHE Compliant选项,第二个选项为压缩文件,3D slicer无法进行弥散张量转化,下面的方框选项为刻录时自带浏览器,没必要选中。再选择create pachage but do not burn按钮,仅建立数据包不是真正刻录,点击continue弹出对话框把数据保存在合适的文件夹中(一般在efilm安装根目录下的CD文件夹中)供3D slicer转化,具体转化过程曹玉福主任介绍的非常详细。
根据笔者的经验,以上方法建立的数据包内同一序列的图片都在一个文件夹内,且文件大小一致。而选择上一步骤中maintain compression where prsent选项所建立的数据包,把DTI序列的数据压缩后图片文件大小不一,3D slicer无法进行不同方向的DTI转化,只能进行普通向量图片转化(如b0状态下的DWI图像)。
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