3D Slicer与Mimics坐标统一问题（初级版）

3D Slicer与Mimics坐标统一问题（初级版）
济南军区总医院神经外科 王奎重

3D Slicer作为一款免费开源医学图像后处理软件，与其它软件相比，有强大三维重建功能、配准功能、分割功能及不断新增的其它功能，但对于初学者来说不容易入门，且该软件对电脑要求比较高且运行起来性能不稳定。Mimics是一款广泛应用的商业医学图像处理软件，其操作界面简单，电脑运行稳定，重建出的模型非常细腻，但其体绘制（volume rendering）功能逊于3D Slicer。笔者也曾设想把这两个软件优点结合起来使用，但因为他们导入图像时坐标系不同，利用Mimics重建出的STL格式的3D模型导入3D Slicer时模型位置和方向与原始图像不能匹配。本文介绍通过相关设置，可以达到两款软件重建图像的完美重叠。

1.打开Mimics软件，点击options-references,进入设置界面。

2.在弹出设置对话框选择visualization，可见下面coordinate systerm默认是word coordinate systerm，需要更改为第一个坐标系。

3.选择STL coordinate system，并依次点击apply，OK。（这时Mimics坐标系已经设置好，操作熟练的伙伴可以不用看下面的建模过程，直接跳到第20步观看）

4.新建一个项目，对患者原始DICOM格式图像进行导入。

5.选择默认对话框进行图像转化。

6.导入图像后对患者兴趣区域进行3D重建，点击左上角的draw profile line图标。

7.在兴趣区域上划线。

8.点击开始阈值设定按钮。

9.选择合适的阈值范围，把病灶区域染色，点击apply。

10.可见兴趣区域被染成绿色，关闭对话框。

11.再点击左上角区域增长按钮。

12.可见鼠标变成“+”字，点击兴趣区域。

13.可见与兴趣区相连的颜色变成土黄色，并且右上角新出现一个yellow的mask。

14.选择yellow，点击重建按钮。

15.重建图像质量可以选择high，这样重建出的图像更细腻，重建速度慢；选择low则重建出的图像相对粗糙，但重建速度快，占用电脑资源小。点击calculate开始重建。

16.对3D模型进行导出，点击图中按钮。

17.选择STL+

18.点击3D选项，选择合适的导出目录，点击add添加到下面的框中。

19.添加后点击完成按钮。

20.再把刚才保存的STL格式的3D文件导进来，点击图中按钮。

21.弹出对话框中选择load STL…

22.找到第18步中的3D格式文件存放目录，选择刚才第19步中保存的3D文件，打开。

23.可见文件导入下面框中，点击图中按钮。

24.弹出对话框中选择转化transform。

25.在弹出的对话框中标记的两个1前面添加负号-。

26.完毕后点击ok。

27.会弹出警告对话框，告诉你坐标已经转换，是否要备份一下，选择是。

28.此时可以看到转化后新生成的3D文件与老文件位置相对。

29.点击“眼镜”，把其它3D文件关闭，仅保留新转化的3D文件，可见该文件名中多了个movable，点击图中按钮。

30.对转化后的3D文件进行保存，点击STL+…（熟练的小伙伴们下面不用看了，直接导入slicer软件中即可）

31.在弹出对话框中选择3D,选择新转化的3D文件movable，选择合适的保存目录，把转化后的3D文件添加到下面框中。

32.点击finishi，模型坐标系转化完成。

33.打开3D Slicer，导入患者原始DICOM图像（注意不要mango软件转换后的图像，mango软件转换后又是一个新的坐标系）。

34.弹出对话框中点击import。

35.选择要导入的含DICOM文件的文件夹，导入完毕点击ok。

36.在目录里选中该患者及其图像序列，依次点击examine，load。

37.可见患者图像导入3D Slicer中。

38.再打开刚才保存好的转换后的3D文件所在的文件夹。

39.选中movable文件，点击ok。（不要点击下面那个STL文件，下面的文件是坐标系转化前的，在高级版里用）

40.选择合适的3D文件颜色，与二维图像完美融合，大功告成。

41.别忘记保存。

42.选择合适的文件夹把3D Slicer生成的文件和mimics生成并转化后的3D文件保存。

本文通过修改Mimics坐标系及模型内矩阵方法较好的解决了其与3D Slicer坐标系不统一问题，具体原理参照有关教材和文献。以上内容比较啰嗦，适合初学者参考，还有其它方法对mimics生成的3D文件进行转化，详见高级版。

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