CT图片三维重建方法之3DSlicer篇

3D Slicer导入Dicom数据之后才能应用的历史改写了，Png等格式的图像文件也能够导入到3D Slicer软件中进行重建等操作。当然导入之后还要有一些参数的调整，不同的机器及不同的扫描参数，调整起来也不能千篇一律，不过还是有规律可寻的。文中所述为本人的个人经验，如有不足之处还望批评指正。

虽说现在的PACS系统都提供Dicom文件格式，但也有部分医院只提供Png或Jpeg格式的图像。以下图为例，扫描层距为5mm，图像格式为Png，来源于医众软件。

首先将上幅图像分解为大小一致的30张图片，保存为Png格式，用截图软件或其他方法都可以，注意不要保存到中文目录中。

将一组图片全部导入到3D Slicer软件中，不能按照常规导入Dicom数据的方法。按照下图所示，拖动一幅图像到3D Slicer软件界面中，勾选Show Options（显示选项）。

去掉Single File（单幅图像）前面的对勾，点击OK，则会将一组图像文件作为一个序列导入到软件中。

导入后的图像轴位显示比例正常，矢状位及冠状位显示比例失调。

已知数据层距为5mm，在模块Volumes中对Image Spacing（图像间距）进行设定，第三个框为轴位层面之间距离（层距）设定为5mm。

总共导入的图像为30幅，层距为5mm，如下图3D Slicer软件中直尺工具测量头部高度数据150mm与计算数据（5mm×30=150mm）相符。

3D Slicer中可见到矢状位片，前后径被放大引起比例失调，点击左上角选中中间层面，对头颅前后径进行测量，如下图AP=830mm。

下图为第16幅（30/2+1）原始Png图像（对应上图中显示的轴位图像层面），按照比例尺计算头颅前后径距离，或在软件中测量前后径距离，测量值为185mm。

上图185mm为实际计算值，3D Slicer软件中测量值830mm，185/830=0.223，在Volumes模块中将前两个框（分别代表左右、前后间距，两值相等）中数字均改为0.223，如下图重建的矢状位和冠状位图像恢复到正常显示比例。

虽然显示比例调节正常了，但在Volume Rendering模块中，3D视图无法通过调节Shift滑块进行查看，也无法对数据进行保存。

数据转换：进入到Vector to Scalar Volume模块中，对数据进行如下转换。

数据保存：转换后的数据就可以保存为nrrd格式了。

建模操作：可以对血肿建模操作，在Volume Rendering模块中显示头颅，可对头颅透明度进行调节等操作。

重建效果：因所选用的数据为5mm层距，重建之后显示效果欠佳，重建时的阈值也会发生很大的变化，若非万不得已，不推荐使用非Dicom数据进行重建。

如果是薄层扫描的CT数据，进行重建效果会怎么样呢？选用一组0.625薄层扫描的CTA数据，将Dicom数据导入到3D Slicer中，Volume Rendering查看头颅显示效果如下。

Volume Rendering查看血管显示效果如下。

为了验证图片格式的薄层数据重建效果，应用XnConvert软件将569个Dicom文件转换为Png文件，支持批量处理，大约需要1分钟时间。

转换之后的569个Png文件作为一个序列导入到3DSlicer软件中，在Volume Rendering模块中查看头颅效果如下。

在Volume Rendering中查看头颅正位，仔细看看额骨中间这条缝有什么不同。

在Volume Rendering中查看颅内血管情况，细节、质感均有缺失，但也基本能够满足使用，3D Slicer你值得拥有！

Dicom图像转换软件XnConvert，下载地址：https://www.xnview.com/en/xnconvert

致谢：衷心感谢霍贵通、周杰、孙宗汉、林靖等人对本文的建议及勘误。