利用3D Slicer自动剥离CT或MRI影像上的头皮和颅骨

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作者: 王奎重 济南军区总医院神经外科

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导言  

3D Slicer(www.slicer.org)除了强大的三维重建功能,还有强大的分割功能。这里作者向大家介绍一种利用该软件自动剥离MRI或CT影像上头皮和颅骨的方法。

1.下载并安装slicer4.5版本,打开后点击扩展功能Slicer Extensions,安装SwissSkullStripper模块后重启软件。

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2.打开Swiss Skull Sripper模块,点击帮助中蓝色链接可进入官网。

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3.下载下图中所标记的两个图谱文件(atlas image、atlas brain mask),把它们保存在无中文名字的文件夹内待用,并修改文件名分别为Atlas.mha和AtlasMask-label.mha。注意此步骤改名非常重要,初学者容易卡在这一步,如果不改名,下载的mask文件载入slicer后是白色的,需要使用编辑模块重新生成mask才能用,或者使用容积模块在容积信息内转换成label map才能使用。

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4.载入需要剥离颅骨的影像数据。

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5.载入步骤3中预存好的两个图谱文件。

6.可见图谱文件中的MRI数据和mask。

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7.重新打开Swiss Skull Stripper模块。

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8.在左侧设置栏内点击Atlas Volume下拉按钮选择Atlas,点击Atlas Mask Volume下拉按钮选择AtlasMask-label,点击Patient Volume下拉按钮选择患者文件cpa-0.nii,Output输出栏内设置为新建文件(Create New…),设置完毕后点击Apply按钮,稍等片刻。

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9.颅骨剥离完毕,显示新的Patient Mask Label。

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10.轴位、矢状位和冠状位左上角下拉按钮,关闭第一行Patient Mask Label旁边的眼睛图标,即可显示剥离后的脑组织。对该文件进行体绘制(Volume Rendering),显示脑表面静脉和脑沟回。注意保存剥离后的脑组织文件。

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颅骨剥离方法很多,本文介绍的利用Swiss Skull Stripper模块剥离方法简单易行。但slicer4.6版本中取消了该扩展模块,4.7部分版本中虽有该扩展模块,因软件本身问题而不能正常使用。有时颅骨剥离完毕重建脑表面的过程中还需要进行精雕细琢才能获得满意效果。下图为另外一位患者MRI数据颅骨剥离后通过体绘制的方法显示脑表面形态。

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《利用3D Slicer自动剥离CT或MRI影像上的头皮和颅骨》上的8个想法

  1. 老师你好,官网上的链接下载不了,您可以网盘分享一下吗?

  2. 多好的功能被删除,怎么想的呢?

  3. 这个只能绘制脑表面,我想用剥离后的脑组织比如cta,重建动脉如何做?用图像相减吗?

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