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作者简介:曹玉福 主任医师 黑龙江鹤岗市人民医院神经外科三病房
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导言
利用Volume clip with model模块剪切背板的方法有三种,上次教程介绍了基于Delaunay triangulation的方法比较繁琐,今天介绍另外一种方法。
载入数据在Volume Rendering模块3D视窗中查看影像如下。
今天课程需要用到扩展模块Volume clip with model,如未找到相应模块需要在扩展管理器中安装VolumeClip。
一、背板建模
背板建模的方法有很多种,有些方法繁琐在此不予介绍,只简单介绍一下阈值法、魔杖法和种子点法的建模方法,另外一些建模的方法和思路可以参照之前血肿建模教程及将要更新的头颅建模章节。
1.1ThresholdEffect(阈值法)
进入Editor界面,选中ThresholdEffect工具,拖动滑块调节阈值范围,使背板及头颅同时染色而被褥、空气等不染色,一般设置为-300~上限最大值。
点击Apply后可见Label染色如下。
点选SaveIslandEffect工具,再点击背板部分,则不与背板相连的染色都将被去除,只保留背板染色(前提是背板与头颅间无相连的染色)。
选中MakeModelEffect模块,进入到Go to Model Maker进行建模参数设置(也可以直接点击Apply而略过设置)。
点击Apply运行后背板建模完成。
此时可转到步骤二完成背板去除,下面接着讲解背板建模的其他操作方法。
1.2WandEffect(魔杖法)
选中魔杖工具,勾选Paint Over和Fill Volume,Tolerance(容差)填写500,Max Pixels Per click(每次点击最大像素值)越大,需要点击的次数越小,电脑配置不高时设置到1000~10000之间即可,否则运算速度会明显变慢或出现假死机。
用工具WandEffect点击背板区域即可对背板进行染色,在二维视窗中拖动Slicer滑块查看使背板染色完全。右下图为点击的示意图,这样分布均匀的点击可减少点击次数(实际操作时只能在二维视窗,并不支持在3D视窗中进行点击)。
点击后建模如下图
小技巧:配置高的电脑可以选中一点连续点击,染色范围自行扩大,加快染色速度。如果染色不是很完全的情况下,可以考虑使用DilateEffect(扩张)工具,应用扩张工具所建的Model比真实尺寸要大(此Model为要去除的部分,允许有误差)。
1.3Simple Region Growing Segmentation(种子点法)
进入到Simple Region Growing Segmentation模块中,进行如下设置。
① 在菜单栏中选中Fiducial工具。
② 在二维视窗中点击背板区域。
③ Segmentation Parameters中Seeds选中F。
④ Input Volume选中stnd。
⑤ Output Volume选择Create new LabelMap Volume as并命名为Backplane。
点击Apply运行,可见背板已经染成粉红色(Peach)。
进入到Editor模块
① Master Volume选中stnd。
② Merge Volume选择Backplane。
③ 点击Split Merge Volume。
④ 下面界面出现Peach命名的stand-Peach-label,选中它。
⑤ 点击MakeModelEffect工具。
点击Apply运行可见背板Model如下,当然也可以直接点击Merge And Build建模。
二、背板剪切
进入到Models模块可查看背板Model的相关信息,可以更改色彩显示,光泽度等。
可见所建的Model名称为Peach。
进入Volume clip with model模块,设置如下:
① Input Volume设置为stnd。
② clipping surface选中Peach。
③ Clip outside去掉选勾(意味着剪切掉其本身)。
④ Fill value填写-1000(填充像素值设置为空气密度-1000,MRI时设置为0)。
⑤ Output Volume默认为Volume。
点击Apply运行。
在Data模块中隐藏Model(Peach)和C。
可见二维视窗及3D视窗中背板均已去除。
小结
本教程讲解去除背板的方法,首先对二维视窗中的背板染色,之后再应用Model Maker进行建模,接着利用Volume clip with model剪除背板。下一节将讲述对头颅建模再进行剪除背板的方法,此节所用的背板建模方法同样适用于颅脑建模,将不再赘述,有兴趣的可以自己试一下。
未完待续
致谢:感谢宁夏医科大学霍显浩对本文的勘误和部分专业词汇译文的建议。
本文只代表作者本人观点,仅供参考,如有错误之处,还请批评指正。如果您对3DSlicer有一定基础并有兴趣想进一步学习可以加入3DSlicer预备群。
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