3DSlicer教程之去除背板(二)

作者简介曹玉福 主任医师 黑龙江鹤岗市人民医院神经外科三病房

征稿启事:本公众号3DSlicer社区SlicerCN)长期征文,投稿邮箱地址:slicercn@163.com。

导言  

利用Volume clip with model模块剪切背板的方法有三种,今天介绍的方法相对繁琐,主要是通过这个方法来熟悉Volume clip with model模块的基本应用,其原理基于Delaunay triangulation。

载入数据在Volume Rendering模块3D视窗中查看影像如下。

3DSlicer教程之去除背板(二)

安装扩展模块

3DSlicer教程之去除背板(二)

进入到Segmentation菜单下的Volume clip with model模块。

① Clipping surface(剪切曲面)默认设置为Model,或者选择Crease new Model as…(创建新模型并命名为…),也可以选择Rename current Model(更改当前模型名称)。

② Clipping surface from markups(剪切表面标记)选择Create new MarkupsFiducial,默认为C(先对Slicer进行标记时则为F)。

③ Clip outside对勾打上,意思是剪除Model之外的部分。

④ Fill value(填充值)CT时为-1000,MR时为0。意思是剪切后背景填充的像素值,取决于成像方式,CT取-1000(空气密度值),MR取0(黑色背景)。

⑤ Output Volume(输出Volume)选择Creat new volume(创建新的Volume),默认为Volume,可在Data在进行更名操作。

暂时不要点击Apply。

3DSlicer教程之去除背板(二)

将Persistent前面的勾选上,点击Fiducial。

3DSlicer教程之去除背板(二)

通过在头颅表面和背板之间动态标记一些Fiducial并进行编辑,由这些点连接形成凸曲面包裹头颅形成一个立体Model。有一些技巧可以参考,这里不赘述,将在视频教程里面进行演示。

选取Slicer轴位片的最大层面,应用Fiducial在头颅外面进行标记,如果想重新调整标记点,再次点击Fiducial之后,鼠标接近标记点时会变成小手形状,可以拖动标记点进行调整。

3DSlicer教程之去除背板(二)

选取Slicer矢状位片最大层面,参照上述方法进行标记。

3DSlicer教程之去除背板(二)

选取Slicer冠状位片最大层面,参照上述方法进行标记。

3DSlicer教程之去除背板(二)

拖动滑块查看曲线没有包绕进去的地方(红箭头所示)增加Fiducial标记点,可见曲线会被标记点吸附而扩大包裹范围。

3DSlicer教程之去除背板(二)

调整后使头颅所有部位都被Model包进去之后结束标记。

3DSlicer教程之去除背板(二)

此时点击Apply运行,记得勾选Clip outside,Model之外的部分已经被剪除。

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进入Markups模块可以对基准点进行隐藏、命名、删除、调整显示大小、改变显示颜色和形状等操作(详见视频)。

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进入Models模块设置为隐藏Model或者删除。

3DSlicer教程之去除背板(二)

或者在Data模块中对基准点C和Model隐藏。

3DSlicer教程之去除背板(二)

进入到Volume Rendering模块中使Volume设置为显示状态,在Slicer和3D视窗中可见背板已经被去除。

3DSlicer教程之去除背板(二)

小结  

也可以用同种方法进行反向操作,先对背板进行标记,剪切时去掉Clip outside选勾,运行Apply之后背板被剪除。这两种方法比较繁琐,一般不用于去除背板操作,一旦熟悉了模块Volume clip with model的用法,可灵活用于其他剪切操作,有待于您去挖掘。

未完待续

本文仅代表作者本人观点,仅供参考,如有错误之处,还请批评指正。如果您对3DSlicer有一定基础并有兴趣想进一步学习可以加入3DSlicer预备群。

3DSlicer教程之去除背板(二)

本教程的视频地址关注公众号3DSlicer社区后回复“背板剪切”或“crop”可获得下载链接(视频会滞后1-2天)。

3DSlicer软件安装及设置请点击下面阅读原文。

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