作者简介：霍贵通，副主任医师，邢台市第九医院。
3D Slicer软件的多模态融合功能可以更好的进行术前规划，比如把颅骨、血管、肿瘤、神经、DTI等进行三维重建，然后融合在同一个坐标系的三维视窗，更加直观的看到各结构和病变关系，还能进行术前增强现实定位。但是，不同扫描时间的同一类影像数据或者不同类的两个以上影像数据，由于扫描基线、层厚等不同，其数据在Slicer的坐标不一样，对这些数据直接进行感兴趣区域【1】三维建模，模型不在一个坐标系，无法直观观察彼此关系。为此，需要对这些数据进行坐标系的更改，把这些不同时间扫描的数据（同一类型或不同类型）统一到一个新的坐标系统，使两者（或者以上）的图像尽可能接近完美吻合。这个过程，暂且叫做数据的匹配。
匹配的方法有多种，根据计算机独立运算程度不同，我把匹配方法分为自动匹配，半自动匹配和手动匹配。自动匹配方法用到General Registration (BRAINS)模块，适合相同类型的不同时间扫描的数据匹配，比如CT and CT或者MRI and MRI。半自动匹配方法用到Landmark Registration模块儿，适合不同类型数据匹配，比如CT and MRI。这两种方法，可以满足目前我所遇到的所有的匹配数据，而且效果满意。这两种方法视频曾在Slicer社区微信群转发，不再赘述。手动匹配方法，用到Transforms模块儿。重点讲述，以期帮助Slicer粉丝加深对匹配内在意义的理解。
下面以窦汇部脑膜瘤术前核磁(PRP_MRI.nnrd)和术后CT（POP_CT.nnrd）为例，讲解Transforms模块儿的手动匹配方法。
一、导入数据，初步将数据居中在视野当中，并半透明显示两个数据。1-4步骤顺序进行点击或选择，结果如图。大部分坐标差别不大的数据会基本在视野之内。如果没有，就要做5-7步骤，分别选择并对两个数据的坐标选择居中。
二、打开Transforms模块儿，建立一个新的坐标系统：LinearTransforms3（名字而已，可以随意更改）。具体操作：点击1模块儿搜索到Transforms或者直接点击2快捷方式转到Transforms模块儿界面；点击3，选择新建Linear Transfor ms（标注4），名称默认为LinearTransforms3（标注5）。
三、确定POP_CT为移动坐标数据，PRP_MRI为固定坐标数据（反过来也无影响）。先点击1，打开下拉菜单，选择POP_CT（2），点击3，把POP_CT移动到右侧窗口，成为新坐标系数据。完成后显示为4所标注界面。
四、坐标移动，直到完全匹配。点击Translantion（1）和Rotation（2），看到移动和旋转滑块，拖动不同滑块，观察右侧窗口图像移动情况，直到CT数据完全和MR数据吻合。
五、固定坐标，保存数据。1-5标注的为操作顺序。1：固定坐标系统；2：数据保存菜单按钮，这个不会陌生；3：数据保存菜单，可以选择保存项目及各式；4：选择保存路径；5：保存按钮（☻）。
六、建立模型，观察匹配效果。至此，点击1，在Segment Editor和Segment Editor模块儿可以对CT感兴趣区域（颅骨）和MR感兴趣区（肿瘤）进行描绘和建模，分别命名为bone和turmor，当然，也可以用其他方法建模，不在这里赘述。再点击2，转到Transforms模块儿界面，可以将为bone和turmor拉到新坐标系，也可以不拉进来。但是，如果在匹配之前进行了建模，则必须拉到新坐标系窗口来。
如果加上MRV，效果更好：
当然，这个手动匹配效果不如自动和半自动好，一般较为精准的匹配，还是选择前两种方法为好。这些都是我个人对3D Slicer中Transforms模块儿的理解，不妥之处，恳请大家批评指正。
注释：【1】感兴趣区：一般指肿瘤、血肿、神经、血管、颅骨、头皮等我们所要重建观察的部位。
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