3D Slicer软件目前已经更新到4.9.0版本,相应的Segment Editor模块中也更新了很多实用的工具,以前教程中血肿建模的8种方法均未应用到Segment Editor模块(对电脑配置要求较高)。今天的教程主要应用模块中Threshold(阈值)、Smoothing(平滑)、Islands(岛)等工具的使用。
轮廓如何标记的?
血肿建模
01. 导入数据如下图。
02. 点击Add增加一种颜色Segment_1。① 为了更好显示将Color更改为红色,双击颜色色块即可进行更改;② 为了便于记忆也可以更改Name,双击Segment_1输入Blood;③ 选中Threshold(阈值工具);④ 阈值下限设置为50;⑤ 阈值上限设置为100;⑥ 点击Apply运行。
03. 在3D视窗中可见血肿及脑组织、头皮广泛染色,看来单纯阈值法不管用了。
04. 平滑处理:① 选中Smoothing工具;② Smoothing Method(平滑方式)默认Median(中值);③ Kernel size:默认3mm,如果血管建模修改小一些;④ 点击Apply运行。
05. 在3D视窗中可见散在的染色已经消失了。
06. 岛工具:① 选中Islands工具;② 选中Keep selected island(保留选中的岛);③ 点击Apply运行。
07. 在二维视窗中点击需要保留的部分(血肿)。
08. 二维视窗中可见血肿之外的染色均已去除,选中Show 3D可在3D视窗中观看模型(此时还不是真正的model)。
09. 点击Segmentations跳转到相应模块中:① Operation:选中Export(输出);② Output type:选中Models(模型);③ 点击Export(输出)。
10. 转到Models模块中,可见模型Blood,可查看相应参数,比如Volume(体积)为29.86ml。
3D Slicer 4.80稳定版下载网页:
http://slicer.kitware.com/midas3/folder/274
以往血肿建模教程链接:
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