3DSlicer教程(012)血肿建模(八)

【教程011】血肿建模 (八)

作者:霍显浩【1】     审校:曹玉福

导言  

3D Slicer教程已经简介了阈值法、笔刷法【1】、魔杖法、快速推进法、稳健统计法、种子点法、图像分割法进行血肿建模操作,此教程将介绍应用模块Intensity Segmenter的建模方法,数据加载及建模过程不再赘述,详见教程004,文末有链接。本系列教程的初衷主要想起到一个抛砖引玉的作用,希望对大家有所启发。再次重申,3D Slicer目前只作为科学研究,因学习本教程应用于临床所导致的一切后果与本教程编辑人员无关,属于个人行为,后果自负。

08Intensity Segmenter(密度分割法)

可以利用这个模块对同一Volume中密度差别大、较孤立对象快速建模。首先载入图像,如下图所示血肿为我们建模的目标。

3DSlicer教程之血肿建模(八)

选择Intensity Segmenter模块按照下图进行设置,之后点击Apply应用

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2D图像视窗中就会生成如下图像,可见头皮、颅骨、脑组织及血肿分别以不同颜色进行标识。

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切换到Editor模块,UI(可视化图形)界面中,按照下图设置,Master volume(基准Volume)选择最初导入的数据,Merge Volume(叠加Volume)选择刚才生成的Blood Label”。

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选取SaveIslandEffect工具,点击血肿中心区域,仅血肿染色得到保留。

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可见血肿区域染色为黄色,非常完美,还可以更改为其他颜色。首先需要确认Blood Label中血肿颜色索引序号是多少,有二种方法,下面分别介绍。

方法一是利用Label Statistic模块进行分析,其中Type为颜色代表意义,Index为索引序号,根据Blood Label中颜色可知,黄色的血肿染色索引序号为8fMRI-low),通过列表还可以查看其它参数。

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方法二是通过Split Merge volumeVolume分割合并)列出颜色的索引序号。

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血肿颜色可以通过ChangeLabelEffect工具更改,Input Color为原来的颜色,Output Color为替换后颜色。

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通过ChangeIslandEffect工具也可以进行颜色更换,直接在Label选框里面键入颜色序号,用ChangeIslandEffect工具点击血肿区域即可

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更换颜色后血肿变为粉红色

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血肿建模后如图

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应用此模块血肿建模还可以通过Range File文件设定阈值范围仅对血肿进行染色【2】,文本文件设定如下,Ingty是无穷大,55-100是血肿的阈值区间。

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进入模块Intensity Segmenter设置的时候,直接载入设置好阈值区间的Range File文件。

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运行之后结果如下图,建模过程省略。

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【1】 霍显浩 宁夏医科大学

【2】 石海平 四川遂宁中心医院

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3D Slicer系列教程

001  软件安装及设置

002  数据导入

003  MRA实体重建

005  颅内病变体表定位

004  血肿建模(一)

006  血肿建模(二)

007  血肿建模(三)

008  血肿建模(四)

009  血肿建模(五)

010  血肿建模(六)

011  血肿建模(七)

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