导言
3D Slicer教程之CTA已经讲解了CTA数据分析、数据提取、减影操作、影像剪切等。今天继续讲解应用模块Volume clip with model进行剪切操作。3D Slicer教程希望能起到抛砖引玉作用,对大家有所启发。再次重申,3D Slicer目前只作为科学研究,因学习本教程应用于临床所导致的一切后果与本教程编辑人员无关,属于个人行为,后果自负。CTA系列教程以GE 64排128层CT原始扫描数据(刻录光盘)为例,操作系统为Wondows 10、CPU i7 6700K、GPU GTX 1060 6G、内存16G、SSD 128G(并非推荐)。
05剪切操作(二)
导入数据后如下图
我们今天病例重点想关注双侧颈内动脉与床突的关系,可以应用Crop Volume模块进行剪切,但剪切范围取决于ROI调节框,无法调整角度。模块Volume clip with model(字面意思可以理解为应用model对Volume进行剪切操作)可以进行曲面的切割。通过菜单Segmentation选择Volume clip with model模块,也可在模块搜索框内输入clip模糊查询。
下图界面Input volume为默认已经打开的文件,如果已经打开了两个以上文件则选择为当前文件。Clippingsurface(剪切面)选择Create new model或者Create new model as…(可以自行命名)。Clipping surface from markups(剪切面标记点)命名规则基本相同,创建后默认为C。Clip outside选择对勾则剪除model之外的部分,去掉对勾则剪除model包含的部分。Fill value是剪除后填充部分的灰度值,这里选择空气的密度值(CT:-1000),output Volume选择Create new Volume,默认为Volume。设置好后先不要点击Apply。
如果想更改默认的名称,可以在模块Subject Hierarchy中右键单击菜单里选中Rename进行操作。
选中快捷菜单栏中Fiducial(基准点)工具,Persistent(持续)之前打勾,可以连续应用基准点工具进行标记而不必每次应用都去重新点选。
选择Red Slicer并通过滑块或鼠标中键选择颈内动脉床突层面,通过标记点确定要保留区域的大致范围。
取消选择基准点工具后,鼠标变成手形状时可以拖动标记点位置进行调整。
可以在模块Markups中调节标记点的显示比例、重命名、是否显示、删除、调节透明度、改变颜色、改变显示图标等操作,调节后可以储存为默认。
更多操作可以参见教程配套视频,这里不再赘述,教程配套视频获得方法请关注3D Slicer交流群(入群可以加微信:caoyufu,加好友请注明姓名、医院、专业、3D 字样)。
通过Markups模块调整标记点为绿色,标记点重命名规则改为%N%d,重新操作后Red Slicer标记点显示如下。
再根据冠状位和矢状位分别确定上下和左右的边界,为了便于区分,可以调整为其他颜色进行显示,冠状位或矢状位进行标记后,3D视窗会出现立体的Model显示。
已经确定了剪切的范围,返回Volume clip with model模块,基准点选择C,剪切后填充部分灰度值选择-1000,输出Volume选择后点击Apply,剪切后Volume如下图,不满意可以重新调整标记点后重复上述步骤进行剪切操作。
在Markups模块中取消显示标记点或者全部删除标记点
在Models模块中点灭眼睛图标使model不显示或者删除model,进入Volume Rendering模块,预设应用CT-Coronary-Arteries-3,演示系统配置为独立显卡GTX1060 6G,故下列选项设置为Rendering:VTK GPU Ray Casting,GPU Memory Size:Default 6144MB(默认6G显存),Quality Control:Maximum Quality(最佳质量),具体设置详见教程001,文末有链接。
图形显示界面布局调整到3D only
多角度查看动脉瘤夹闭满意,后交通动脉保留完好。
本教程视频下载地址将发在3D Slicer交流群里。
未完待续
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